Compañero creo que lo equivoco de la expresión "manufactura" en su uso relojero te ha confundido un poco (más o menos como nos ocurrió a todos la primeras veces que la escuchamos). "Manufactura" en su acepción relojera no quiere decir que un reloj se monte necesariamente a mano por artesanos, lo único que quiere decir es que una marca es capaz de fabricar un reloj o gran parte de él (principalmente el calibre para que vamos a engañarnos) por sus propios medios, desde la I+D hasta su ensamblaje final. A partir de ahí hay marcas que fabrican hasta sus cristales, correas, etc. como Rolex, por no hablar de las niponas que además de lo anterior fabrican hasta sus propios lubricantes, rubíes, cristales de cuarzo, pilas, etc. Resumiendo hay "manufacturas" que pueden ser ensambladas de forma totalmente automatizada (Como Seiko o Citizen en sus gamas básicas de cuarzo) y no manufacturas que pueden suponer un enorme trabajo de montaje y artesanalidad (movimientos esqueletizados, reensamblajes de diseños previos, etc.).
Respecto al tema que apuntas el del montaje manual, te sorprendería saber que la mayoría de los calibres mecánicos, por baratos que sean, son montados manualmente, al menos en muchos de sus componentes o fases, pero no hay que confundir eso necesariamente con un trabajo artesanal, lento o costoso ya que se hace un montaje industrial en cadena, lo único que en vez de máquinas el trabajo lo hacen operarios. Como te ha dicho Cabanillas hasta los Vostock de apenas 70 euros, los Orient, Seiko 5, Miyota, etc. son ensamblados a mano. También te sorprenderá saber que hay muchos grandes cuarzos que dada su complejidad deben ser montados a mano, estos si de forma casi artesanal, dada su gran cantidad de piezas (entre 250 y 400, frente a las 200 piezas que puede tener un mecánico normal, incluyendo algunos cronos mecánicos), implicando incluso la fabricación manual (en este caso si que es manual manual) de algunas de las piezas.
Entrando de lleno en la que entiendo que es tu cuestión, la compra de relojes sumamente complicados, con montajes y acabados artesanales, etc. pienso que has tocado un tema clave, de hecho puede ser uno de los posibles puntos débiles (junto con su precio por supuesto) de ciertas manufacturas o movimientos muy exclusivos o complejos. Conviene tenerlo en cuenta a la hora de valorar la compra de un reloj de este tipo, no sólo que suelen ser más caros, sino también que sus mantenimiento, reparación, etc. también suele serlo (sobre todo si tenemos en cuenta el chantaje al que somenten a sus clientes las marcas relojeras al negar piezas de reparación a talleres distintos de los oficiales, cosa que sólo ocurre en el mundo de la relojería y que es contraria a la ley española y europea). A la falta de repuestos hay que añadirle que son mecanismos exclusivos y complejos que al final sólo podrá arreglar la marca (en muchos casos en suiza) y que, como tu dices, yo no dejaría en manos de cualquiera, por lo que conviene mirar las tarifas, profesionalidad, etc. del Servicio Técnico de la marca en la que estemos interesados.
Yo creo que teniendo en cuanta estos factores a la hora de adquirir un modelo, para no llevarnos a engaño llegado el caso vaya, las manufacturas, los movimientos de montaje artesanal, etc. siguen ganando por goleada en el corazón de los aficionados a los movimientos no manufacturas. El mérito que tiene el desarrollo de un mecanismo propio y la exclusividad y belleza que suponen en muchos casos los trabajos artesanales de montaje, acabado, etc. llevados a cabo por maestros relojeros son la esencia de nuestra pasión, de lo que nos enamora de este mundo. Cuando tanto se habla de romanticismo de la relojería mecánica, esta se pierde un poco si pensamos en los enormes conglomerados industriales que surten a la industria, la automatización de los procesos, la falta de creatividad de muchas marcas que se limitan a ensamblar movimientos en sus cajas, etc.