Hola compañero
Vamos a ver, yo en Julio de 2010 hice un viaje similar al que tu planteas y te puedo contar un poco mi experiencia, pero ignoro exactamente que es lo que buscas, nivel de comfort que deseas, etc.
Como recomendaciones generales, a los destinos que apuntas añadiría sin lugar a dudas Arequipa y si te va un poco la aventura caminante el Cañón del Colca. Es muy importante que vayas haciendo la ascensión paulatinamente, por ejemplo Lima, costa del pacífico (Pisco, Ica), de ahí a Arequipa (unos 2000 m), posteriormente Cañón del Colca, luego Titicaca (4000 m) y dejar Cuzco y el Machu Picchu para el final ya que son más exigentes en esfuerzo físico y así llegarás aclimatado. La gente que va a Lima y de ahí vuela a Cuzco directamente se les reconoce por su facies congestionada y respirar agitado en las calles y el Machu Picchu. Verdaderamente la altitud se nota, no es ninguna coña.
Dicho esto, yo compré los billetes de avión y al llegar a Lima me estaba esperando una agencia local
http://www.sudamericatour.com/ con la que había contratado el recorrido que quería hacer, que es el que te acabo de mencionar más tres días en la selva amazónica. Ellos se encargaron de los traslados, hoteles, excursiones, etc, siempre muy personalizado y dejándonos toda la libertad que queríamos. En algunas ciudades había yo seleccionado el hotel y ellos e hicieron la reserva y en otros sitios lo buscaron ellos, a mi criterio. Nos acompañaron en un trekking de tres días por el Colca, dormimos una noche en una casa particular en una isla del Titicaca, subcontrataron a otra agencia de Iquitos que nos llevó a una casa particular (sí, como lo oyes, una especie de bed and breakfast) durante tres días en el Amazonas. Esta agencia está especializada en viajes personalizados y tiene trabajado para muchos equipos de televisión que hacen documentales en Sudamérica. En precios seguramente se adaptan a tu presupuesto ya que dependerá del tipo de transporte y nivel de hoteles que desees.
Otras opciones son agencias tipo El Corte Inglés, que seguramente será mucho más confortable pero menos 'vivencial' o simplemente ir por libre, para lo que tampoco hay ningún inconveniente ya que te puedes mover en transporte público por todo el país sin ningún problema, siempre que lo tuyo sea ir apretado en una combi, claro.
El viaje fue apasionante, realmente Perú tiene muchísimas cosas que ver y muy variadas, pero también 'duro', exigente física y mentalmente, con momentos no exentos de aventura (un accidente de bus, un crimen televisado en el hotel puerta con puerta al nuestro en Aguas Calientes, un robo de una cadena de oro a mi mujer en el barrio de Belén de Iquitos, algunos vómitos por calor y mal de altura en el Colca... Por cierto, contar como llegué a ver solo la segunda parte de la final del mundial que ganó España en un bar de Juliaca me daría para escribir folios porque nos pasó de todo (dos averías del bus, posterior accidente por pérdida de la dirección, espera a bus de rescate, bajada en medio de la nada y el bus se va con nuestras mochilas, persecución al bus en camioneta policial que nos asistió en la carretera hasta la estación de autobuses, intercambio de insultos con el chófer....... la de Dios, pero a la segunda parte llegamos... y ganamos !!!)
Puedes consultar algunas de las fotos que hicimos en mi album público
https://get.google.com/albumarchive/pwa/104724638106028978327/PERU
No sé si este rollo te es de ayuda pero es mi experiencia
Saludos