Buenas,
Si vas a estar solo 7 días yo me centraría en Tokio y Kioto, mira un poco que es lo que mas te pueda apetecer e intenta hacerte una ruta con ello. Yo estuve un mes por allí en la isla de Honshu y las cositas que recuerdo así más especiales por si te pudieran servir de guía son:
-Tokio, palacio imperial donde estaba el antiguo templo de Edo, está un poco a trasmano pero es un sitio bastante significativo y te sirve para ver como eran este tipo de construcciones, si te gusta el tema del manga el barrio de Akihabara (y aunque no te guste merece la pena visitarlo), con los cafés, las lolitas y las tiendas monstruosas en edificios de 7 plantas, templo de Ashakusa y mercado (aquí además tienes sitios típicos para comer por los aledaños del mercado en plan de sentarte en banco corrido con la gente de allí y tomarte una cerveza y unas raciones). Otras cosillas que están bien con Shinjuku (barrio gotico-alternativo), parque de Ueno, bahía de Odaiba (es una islita artificial donde hay una mini estatua de la libertad).
-Kioto, yo aquí iría un par de días por lo menos, a mi es lo que más me gustó de todo Japón, barrios Higashiyama y Gion con las casas tradicionales, camino de la filosofía (merece echarle un rato y pasearla, hay algún templo con monjes donde puedes entrar a tomarte un té y un cementerio en la montaña que ver), los templos (Kiyomizu-Dera con el balcón de madera y las vistas de la ciudad, Kinkaku-ji y el Ginkaku-ji que son los templos de oro y de plata ), para mi visita obligada a Nara (ciudad cerca de Kioto y antigua capital de Japón) y al templo de Fushimi Inari. Si haces noche super recomendable ir al Nishiki a comer por el mercado. Por la mañana ir a comer ramen a los restaurante que hay en la parte de arriba de la estación me parece top.
Como recomendación general, mírate el Japan Rail Pass que te lo puedes pillar por 7 días creo y te da acceso a trenes de alta velocidad y a algunas líneas de metro (el metro en Tokio es como de varias compañías y con el pass solo entran algunas, la más importante de todas formas es una circular que te lleva a todos los sitios de interés y me suena que si que entraba).
Y esto es así un poco por encima...tiene bastante que ver la verdad 😅, como recomendación lo que te decía arriba, mira muchas guías y vídeos e intenta quedarte con lo que mas ilusión te haga, sea lo que sea ya te digo que te va a gustar y que siempre vas a querer mas.
Espero que te sirva alguna cosilla del rollo que te he soltado, una saludo.