No soy mecánico, pero en mi opinión, el que uses poco el coche no justifica que se estropeen las baterías tan a menudo. Una batería se estropea si la dejas sin cargar 6 meses o un año, o si se quedan sin agua. Yo creo que hay dos posibles causas para el problema que explicas.
La menos probable: El alternador lleva un circuito impreso con diodos, y un regulador. Si se te estropea uno o más de los diodos, el alternador no cargaría bien, pero no creo que se llegue a estropear la batería. Simplemente, se quedará descargada. Ten en cuenta que en un coche moderno la bomba de combustible, las bujías (si es de gasolina), además de todo el equipamiento del coche, consumen electricidad. Si la batería no se carga bien, se acaba descargando.
La que me parece más probable: Lo que creo que le pasa a tu coche es que el regulador se ha estropeado. Esto hace que el alternador no deje de cargar la batería, aunque esté a tope. El regulador debe de cortar la carga cuando la batería está al completo. Si no es así, acabará estropeándola. Los coches modernos, al tener tantos elementos que consumen energía, tienen alternadores potentes, capaces de cargar la batería en poco tiempo. Si es esto, el alternador es reparable, si encuentras un mecánico de los de antes. El regulador cuesta unos 60 euros. En el concesionario, te cambiarán el alternador, y ya puedes preparar unos 1.000 €, o unos 500 si te ponen uno reparado. Si haces valer la garantía, debería ser gratis. Me extraña que no hayan dado con la avería. Me da la impresión que están esperando a que se pase la garantía para cobrarte el cambio.
Perdón por el ladrillo, y suerte.