Hola
Sobre este tema se suele escribir bastante. Intentaré resumir lo que, si mal no estoy informado, está vigente hoy día.
Como particular que supongo eres (las empresas tienen otro tratamiento) deberás pagar (si te solicitan la liquidación, y actualmente pocas cosas se escapan)
A.- Si EL VALOR DECLARADO (no es lo mismo que valor de compra, pero de esto hay más que hablar que ahora no viene a cuento) por el vendedor-exportador, no supera los 45 € NO hay que pagar IVA ni Arancel. Tampoco comisión alguna de gestión.
B.- Si ese VALOR DECLARADO supera los 45 € te liquidarán el 21% de IVA + los aranceles del pais donde se vende que aplica a la Unión Europea, que suele oscilar sobre un 2,5% sobre Valor Declarado.
B.- Sobre el Valor Declarado + IVA + Arancel + coste de envio, te cobrarán una Comisión de gestión que suele se muy variable, yendo la más barata la de Correos a otras de agencias de transporte que se disparan sin posibilidad de reclamar nada. Cuidado pues con esta comisión. Una nota interesante, si la entrega te viene por Correos y recoges el envío en sus oficinas normalmente no aplican comisión de gestión, o es muy baja, lo que si harán si te lo entregan en domicilio. Las agencias no actúan así, es un negocio más que tienen.
Es importante añadir que si a la hora de proceder a realizar la liquidación, el funcionario de turno considera que el Valor Declarado es inferior a lo que dice el exportador que envía (se ha de poner qué contiene el paquete) puede solicitarte el comprobante del pago o bien aplicar importe de liquidación según baremos de Aduanas legalmente aprobados. Y te aseguro que esos precios que tienen no son bajos. Lo comento porque a veces se suele pedir que pongan V.D. bajo o incluso declararlo como GIF (sin coste, regalo) De todas formas algunos paises de origen, p.ej USA penaliza de manera muy severa estos "engaños" de ahí que los vendedores no suelan aceptar esos tejemanejes.
Espero que te haya quedado un poco más claro el tema. Ahora, con los datos de coste venta + envío + costes puedes calcular si te sale a cuenta comprar en Japón, o no. No olvides que comprando fuera a la hora de la verdad pierdes mucha garantía caso de tener que hacerla efectiva. La teoría de las garantías europeo-mundiales no suelen funcionar tan bien como las explican, al menos en cuanto a 2 experiencias propias y otras que conozco.
Saludos y disculpa lo largo de éste.